(кстати, через главное или иное меню эта возможность недоступна, что не совсем хорошо)

Меню Ингео "Окна \ Список слоёв" (у меня 4.4.0.226). Так что в данном пункте неправда ваша.
А про выезжание/всплывание  +1

В семантику (вещественное поле) попало значение: -92233720368,5478

 idf

 Думаю, что линейниые многоконтурные объекты тоже себе вполне реальное явление. А многоконтурные площадные объекты вообще сплошь и рядом :) Здания, гидрография, земельные участки и прочее :)

В любом случае, решать разработчикам)

 Сейчас, возможность создания вершины вне существующего контура - это возможность добавления еще одного контура (не формы) в форму объекта. Отключать ее тоно не стоит. Предупреждение? -Возможно, но чтобы это предупреждение больше не показывалось в течение хотя бы этой сессии.

 Мне кажется это задача специализированных модулей. Ингео не должна быть "швейцарским ножом" :)

 За сокрытие запрещенных слоёв в списке слоёв Ингео, против за сокрытие в проводнике. :)

 Можно написать такую службу самостоятельно: служба будет запускать MapX и вешатся на нужные события.

Думаю небольшой проблемой будет мониторить работает сам сервер или выключен. ну и будет небольшой минус: база для мониторинга будет постоянно "открыта" и поедать память.